高壓微射流均質機應用于細胞破碎過程中應注意以下方面：
一、不要過度預混合引入氣泡
使用渦旋混合器或者高速剪切機很同意將空氣吸入細胞懸浮液中，從而影響破碎結果。溫和的攪拌確保細胞懸浮就可以。確保冷卻浴在此過程中冷阱溫度降到所需溫度，比如乙二醇-4°等，并根據需要進行改變。
處理細胞破碎時，可以直接使用沒有APM的Z型腔體。將處理壓力與單元格的類型相匹配。對應推薦使用壓力和腔體類型，見表4和表5。細菌細胞的韌性差異顯著。革蘭氏陰性細胞，如大腸桿菌，是最常用的，而且很容易被打破。革蘭氏陽性細胞更難處理，應該像酵母或藻類一樣處理。
二、盡量不要過度處理
運行推薦的工藝壓力，并以不同的通過次數取樣。不要過度處理。過多的通道會導致更高程度的破裂，但同時蛋白質活性也會因過多的能量輸入/熱量產生而惡化。過度處理也可能使下游的過濾和移液更加困難。
如果細胞從冷凍的溶液中重新解凍，這時需要確保完全解凍?；蛘弋敿毎麧舛冗^高時（在這種情況下，如果可能的話，用更多的緩沖液稀釋）。這樣可以避免冰渣或者大量細胞聚集產生大顆粒影響處理過程。

對于酵母細胞，要注意避免使細胞應激。在加入緩沖懸液之前，避免將酵母細胞加熱到干燥，因為這會使堅硬的細胞壁更加堅硬。

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